Ein Protein bei der Arbeit

Pressemitteilung der Universität Freiburg vom 29.04.2010

Biophysiker der Universität Freiburg bauen Sonde in Protein ein – Veröffentlichung in „Nature“

Proteine sind die molekularen Maschinen in unseren Zellen. Um ihre Funktionsweise verstehen zu können, muss man die bei ihrer Arbeit ablaufenden Veränderungen auf einem molekularen Niveau verfolgen können. Dies ist möglich mithilfe von Infrarotspektroskopie, speziell der so genannten Fourier-Transform Infrarot (FTIR) Spektroskopie, die die Schwingungen der einzelnen chemischen Bindungen in einem Protein und deren Veränderungen während der Arbeit des Proteins messen kann. Ein FTIR-Spektrum eines typischen Proteins setzt sich jedoch aus mehreren tausend Schwingungen zusammen, die sich gegenseitig überlagern, so dass es mühsam und oft unmöglich ist, die interessierenden Schwingungsbanden zu isolieren.

Den Biophysikern PD Dr. Reiner Vogel und Dr. Ekaterina Zaitseva vom Institut für Molekulare Medizin und Zellforschung der Universität Freiburg ist es in einer engen Zusammenarbeit mit Shixin Ye und Thomas P. Sakmar in New York sowie Xavier Deupi in Barcelona gelungen, eine molekulare Sonde in ein Protein einzubauen und deren Veränderungen während der Arbeit des Proteins im Detail spektroskopisch zu verfolgen. Während die Proteine unserer Zellen normalerweise aus einem eng begrenzten Repertoire von Bausteinen, den Aminosäuren, zusammengesetzt werden, wurden die Zellen hier veranlasst, einen eingeschleusten künstlichen Baustein gezielt einzubauen. Dieser künstliche Baustein, p-azido-Phenylalanin, wurde für die spektroskopischen Methoden maßgeschneidert und trägt eine so genannte Azido-Gruppe aus drei Stickstoffatomen, die in einem isolierten spektralen Bereich absorbiert und nicht von anderen Schwingungen überlagert ist. Diese Technik wurde auf den Lichtrezeptor Rhodopsin angewandt, ein Membran-Protein in den für das Sehen zuständigen Sinneszellen der Netzhaut.

Absorbiert das Rhodopsin ein Photon, so durchläuft es eine Reihe von Zwischenstufen, so genannte Intermediaten, in denen sich die durch die Lichtreaktion induzierten Veränderung innerhalb des Rezeptors sukzessive ausbreiten, bis er schließlich voll aktiviert ist und wiederum nachgeschaltete Elemente der Signalübertragungskette aktivieren kann. Mithilfe der neu entwickelten Technik konnten die Freiburger Wissenschaftler und ihre Kollegen nun diese strukturellen Veränderungen innerhalb der einzelnen Intermediate genauer untersuchen. In ihrem Beitrag in der aktuellen Ausgabe der Zeitschrift „Nature“ (Nature 464: 1386 – 1389) zeigen sie unter anderem, dass Bewegungen von kompletten Strukturelementen schon erheblich früher nach der Lichtabsorption auftreten als bisher angenommen wurde. Die beteiligten Biophysiker sind zuversichtlich, dass die an Rhodopsin gewonnenen Erkenntnisse auch unser Verständnis der Aktivierung anderer Rezeptoren prägen werden. Durch ihre Sensitivität für elektrostatische Veränderung wird durch diese neue Technik das Methoden-Repertoire der Biophysik um eine wichtige Komponente erweitert.

Externer Link: www.uni-freiburg.de

Polymere werden berechenbar

Pressemitteilung der TU München vom 03.05.2010

Neues Simulationsverfahren für Kunststoffe und Biopolymere:

Was hält ein neuer Kunststoff aus, wie halten Biopolymere zusammen? Durch eine Vorausberechnung der Eigenschaften, könnten Materialwissenschaftler massiv Entwicklungskosten sparen und Biophysiker die Eigenschaften von Biopolymeren und menschlichen Zellen untersuchen. Doch bisherige Berechnungsmethoden stoßen hier an ihre Grenzen. Ingenieure der Technischen Universität München haben nun die im Ingenieurwesen häufig angewandte Finite-Elemente-Methode so erweitert, dass eine derartige Vorausberechnung möglich wird.

Technische Kunststoffe bestehen aus langen, kettenartigen Molekülen. Deren Beweglichkeit hat einen entscheidenden Einfluss auf die Materialeigenschaften. Könnte man sie besser vorausberechnen, so würde dies bei der Entwicklung neuer Kunststoffe sehr viel Zeit und Geld sparen. Auch die Biologie steht vor ähnlichen Problemen: Biopolymere Netzwerke sind von entscheidender Bedeutung für eine Vielzahl biologisch und medizinisch relevanter Prozesse im menschlichen Körper. Insbesondere sind sie wichtig für Teilung, Bewegung und Verformung von Zellen.

Aufgrund der enormen Komplexität dieser Netzwerke ist eine Untersuchung oft nur mit Computersimulationen möglich. Die Größe und die komplexen Eigenschaften der in Materialwissenschaft und Biologie zu simulierenden Systeme setzen einer präzisen Modellierung jedoch bislang enge Grenzen. Bei Verwendung der bisher in diesen Bereichen üblichen Simulationsverfahren sprengt der Rechenaufwand selbst die Möglichkeiten von Supercomputern.

Professor Wolfgang Wall und sein Team am Lehrstuhl für Numerische Mechanik der TU München haben nun die in den Ingenieurwissenschaften als höchst effizientes Verfahren bekannte Finite-Elemente-Methode so erweitert, dass sie auch für die Simulation der Mikromechanik von Kunststoffen und Biopolymeren eingesetzt werden kann. Die Finite-Elemente-Methode erlaubt es, physikalische Effekte in einem bestimmten Gebiet zu simulieren, indem die Vorgänge auf kleinen Teilgebieten, den Finiten Elementen, in ihrer Auswirkung zusammengefasst werden und so genannten Knoten zugeschlagen werden. Während der Simulation genügt es dann, alle Rechenschritte nur noch in Bezug auf diese diskreten Knoten auszuführen.

Bislang war nicht bekannt, wie bei diesem Verfahren die in der Bio- und Polymerphysik essentiellen Effekte der statistischen Mechanik berücksichtigt werden können. Denn die Moleküle werden durch die Umgebungswärme ständig zufällig angeregt und bewegen sich daher ständig ein klein wenig. Die neu entwickelte Simulationsmethode löst dieses Problem und öffnet damit den Weg zu einer höchst effizienten Simulation der statistischen Polymer- und Biophysik. Dies ermöglicht die computergestützte Analyse auch solcher Systeme, die bislang zu groß und komplex waren.

„Die großen Vorteile der neuen Methode sind ihre Vielseitigkeit, ihre Effizienz sowie ihre solide mathematische Basis“, sagt Professor Wall. Die grundlegende Methode wird bereits für viele verschiedene Probleme aus Technik und Naturwissenschaft genutzt – zur Simulation derartiger Fragestellungen wurde sie jedoch bislang noch nicht eingesetzt. Dazu waren theoretisch anspruchsvolle Erweiterungen nötig. Erfreulicher Weise lassen sich diese jedoch in die Vielzahl bestehender, bereits weit entwickelter Softwarepakete leicht einbauen, um die Methode direkt in Simulationen anwenden zu können.

Mit Hilfe des neuen Simulationsverfahrens wollen die Ingenieure zusammen mit Biophysikern im Rahmen eines Projektes der International Graduate School of Science and Engineering (IGSSE) der TUM wesentliche Fortschritte beim Verständnis des Verhaltens biopolymerer Netzwerke erzielen. „Wir wollen verstehen, wie biopolymere Netzwerke dynamisch auf äußere Belastungen reagieren und dabei z.B. ihre Struktur anpassen.“ sagt Christian Cyron, Doktorand am Lehrstuhl für Numerische Mechanik. Daraus können wir dann ein besseres Verständnis für das mechanische Verhalten menschlicher Zellen gewinnen, das ja ebenfalls maßgeblich von einem biopolymeren Netzwerk, dem Zytoskelett, bestimmt wird. Langfristig können diese Erkenntnisse dann zur Entwicklung neuer medizinischer Technologien führen.

Originalpublikation:
Finite-element approach to Brownian dynamics of polymers, Christian J. Cyron and Wolfgang A. Wall, Physical Review E 80, 066704 2009 – DOI: 10.1103/PhysRevE.80.066704

Externer Link: www.tu-muenchen.de

technologiewerte.de – Börsenblick April 2010

Rückblick April 2010

Performance

Der TecDAX der Deutschen Börse AG gab im April 2010 um circa 2% nach. Unter den Index-Top-Performern finden sich die Aktien von Singulus, Wirecard sowie Conergy; zu den Underperformern zählen die Papiere von Medigene, Smartrac und Manz Automation.

Ausblick Mai 2010

Kalender

o Aixtron:

10.-11.05.2010 DB Access Asia Conference Singapur

18.05.2010 Hauptversammlung Aachen

19.05.2010 Seven Sins & Seven Chances München

20.05.2010 DB German and Austrian Corporate Conference Frankfurt

24.-28.05.2010 Q1 Roadshow USA

25.-28.05.2010 Q1 Roadshow Europa

o Bechtle:

12.05.2010 Zwischenbericht 1. Quartal 2010

o Carl Zeiss Meditec:

12.05.2010 Q2-Veröffentlichung

12.05.2010 Telefonkonferenz zum 2. Quartal 2010

20./21.05.2010 DB German and Austrian Corporate Conference Frankfurt

o Centrotherm:

11.05.2010 Veröffentlichung 1. Zwischenbericht zum 31. März 2010

o Conergy:

12.05.2010 Veröffentlichung Zwischenbericht 1. Quartal

o Dialog Semiconductor:

05.05.2010 Annual General Meeting London

10.05.2010 Publication of Q1 2010 Report Interim Report

o Drägerwerk:

05.05.2010 Bericht zum 1. Quartal 2010

05.05.2010 Telefonkonferenz

07.05.2010 Hauptversammlung Lübeck

o Drillisch:

12.05.2010 Bericht zum 1. Quartal 2010

28.05.2010 Hauptversammlung

o Evotec:

12.05.2010 First Quarter Report 2010

19.-20.05.2010 BioEquity Europe Zürich

25.-26.05.2010 BoA ML Biotech, Medtech & Mid-cap Pharma 1-1 Conference London

o Freenet:

11.05.2010 Veröffentlichung Zwischenbericht zum 1. Quartal 2010

o Jenoptik:

11.05.2010 Zwischenbericht 1. Quartal 2010

o Manz Automation:

11.05.2010 Quarterly Report through Q1 2010

o Medigene:

07.05.2010 Veröffentlichung des 3-Monatsberichts 2010

11.05.2010 Hauptversammlung 2010 München

19.-20.05.2010 BioEquity Europe Zürich

o Morphosys:

03.-05.05.2010 Deutsche Bank’s 35th Annual Health Care Conference Boston

03.-06.05.2010 International Bio Convention 2010 Chicago

19.-20.05.2010 BioEquity Europe Zürich

21.05.2010 Ordentliche Hauptversammlung 2010 München

25.-26.05.2010 BoA ML Biotech, Medtech & Mid-cap Pharma 1-1 Conference London

o Nordex:

12.05.2010 Report on the first quarter of 2010 plus conference call

o Pfeiffer Vacuum:

04.05.2010 Q1 Earnings Release

20.05.2010 AGM Wetzlar

o Phoenix Solar:

11.05.2010 Bericht zum 31. März 2010 (Telefonkonferenz/Webcast)

o Q-Cells:

11.05.2010 Veröffentlichung Bericht zum 31. März 2010

o Qiagen:

03.05.2010 Publication of Quarterly Results 1/10

04.05.2010 First Quarter 2010 Conference Call

o QSC:

10.05.2010 Veröffentlichung des Quartalsberichts I/2010

20.05.2010 Ordentliche Hauptversammlung Köln

21.05.2010 DB German & Austrian Corporate Conference Frankfurt

o Roth&Rau:

10.05.2010 Goldman Sachs Small & Mid Cap Symposium

14.05.2010 Quartalsbericht Q1/10

21.05.2010 Hauptversammlung 2010

31.05.-02.06.2010 BHF Roadshow Luxemburg

o Smartrac:

10.05.2010 Publication of Q1 Interim Report

10.05.2010 Analysts‘ Conference Call

12.05.2010 Annual General Meeting Amsterdam

o SMA Solar:

14.05.2010 Veröffentlichung Quartalsfinanzbericht Januar-März 2010

14.05.2010 Analyst Conference Call

27.05.2010 Hauptversammlung Kassel

o Software AG:

20.05.2010 DB German & Austrian Corporate Conference Frankfurt

21.05.2010 Annual General Meeting

26.05.2010 Roadshow Vienna

27./28.05.2010 Societe Generale Pan European Small & Mid Cap Conference Nice

o Solarworld:

11.05.2010 Veröffentlichung Konzern-Zwischenbericht 1. Quartal 2010

11.05.2010 Analysten-Telefonkonferenz

20.05.2010 Hauptversammlung Bonn

o United Internet:

12.05.2010 Veröffentlichung Quartalsbericht 2010

o Wirecard:

19.05.2010 Pressemeldung zum 3-Monatsabschluss

19.05.2010 Veröffentlichung des 3-Monatsabschluss