Multitasking bei Proteinen entdeckt

Medienmitteilung der Universität Basel vom 05.12.2012

Offenbar können Proteine je nach Wirkungsort unterschiedliche Aktivitäten entfalten. Forschende der Universität Basel fanden ein im Zellkern vorkommendes Protein neu auch in wachsenden Nervenzellfortsätzen. Dort stabilisiert das als Stressregulator bekannte Protein das Zellskelett. Die Resultate sind in der Zeitschrift PLOS Biology erschienen.

Unser Gehirn ist ein hochkomplexes Organ, bestehend aus Milliarden von miteinander «verdrahteten» Nervenzellen. Nervenzellen oder Neuronen verknüpfen sich dabei über Neuriten und Dendriten, lange Zellfortsätze, die eine Erregungsleitung über weite Strecken ermöglichen. Während der Entwicklung des Gehirns wachsen diese Fortsätze aus dem Zellkörper der Nervenzelle. Die für das Wachstum der Neuriten benötigten Proteine werden dabei im Zellkörper synthetisiert und über das Zellskelett an den Ort des Wachstums transportiert.

Eine andere Möglichkeit besteht darin, anstelle fertiger Proteine nur die Abschriften ihrer Baupläne an die Wachstumsfront zu schicken und die eigentliche Proteinsynthese vor Ort zu gestalten. Dem Team um den Neurowissenschaftler Olivier Pertz ist es nun gelungen, verschiedene mRNAs – Abschriften verschiedener Proteine – zu identifizieren. Eine dieser mRNAs kodiert das Protein MKK7, das normalerweise im Zellkern die Antwort auf Stress reguliert. Wozu, so eine der Fragen, braucht es einen Stressregulator am Ort des Neuritenwachstums und dies fern vom Kern?

Ein Protein – zwei Jobs

Von den rund 80 verschiedenen mRNAs, welche die Forschenden in von Zellkörpern befreiten Neuriten identifizierten, zeichnet sich das Protein MKK7 dadurch aus, dass es zu einer weiteren Aufgabe fähig ist: Anders als im Zellkern bündelt und stabilisiert MKK7 am Ort des Wachstums von Nervenzellfortsätzen die Mikrotubuli. Mikrotubuli sind Bauteile des Zellskeletts und bilden das Rückgrat von Neuriten und Dendriten.

Die neu entdeckte Aufgabe von MKK7 ist äusserst interessant, weil Hemmer von MKK7 bereits klinisch eingesetzt werden, um Stressreaktionen nach Nervenverletzungen zu verhindern. Angesichts der vorliegenden Resultate sollte nun geprüft werden, ob MKK7-Blocker nicht auch die Nervenregeneration hemmen. Abgesehen davon zeigen die Resultate der Basler Forschenden, dass es Proteine gibt, die fähig sind je nach Wirkungsort unterschiedliche Funktionen übernehmen zu können. Damit wäre die oben gestellte Frage weitgehend beantwortet.

Originalbeitrag:
Daniel Feltrin, Ludovico Fusco, Harald Witte, Francesca Moretti, Katrin Martin, Michel Letzelter, Erika Fluri, Peter Scheiffele, and Olivier Pertz
Growth Cone MKK7 mRNA Targeting Regulates MAP1b-Dependent Microtubule Bundling to Control Neurite Elongation
PLoS Biology, published 04 Dec 2012 | doi:10.1371/journal.pbio.1001439

Externer Link: www.unibas.ch

Laseroptik erlaubt mikroskopische Blicke unter die Oberfläche

Presseaussendung der TU Wien vom 04.12.2012

Wie blickt man ins Innere eines Fliegenauges? Saideh Saghafi entwickelt Laseroptik, die hochauflösende dreidimensionale Mikroskopie ermöglicht.

Feine Äderchen, dünn verästelte Nervenbahnen – mit dem Ultramikroskop, das in der Abteilung für Bioelektronik des Instituts für Festkörperelektronik der TU Wien entwickelt wurde, lassen sich winzige Details biologischer Gewebe dreidimensional darstellen. Laserstrahlen ermöglichen einen Blick in das Innere von Fliegen, Mäusen oder auch medizinischen Gewebeproben. Die Lasertechnik und Optik des Geräts wurde von Saideh Saghafi entwickelt. Ihr gelang es, aus einem Laserstrahl mit optischen Tricks eine extrem dünne zweidimensionale Laser-Fläche zu machen, mit der man die Proben Schicht für Schicht durchleuchten kann. Dafür erhielt sie nun einen wichtigen Optik-Preis.

Gewebe wird transparent

Normalerweise sind biologische Gewebe undurchsichtig, weil das Licht an den Grenzschichten zwischen unterschiedlichen Materialien gestreut wird. Aus dem selben Grund können wir nicht durch dichten Nebel hindurchsehen: Jedes einzelne schwebende Nebeltröpfchen streut das Licht – und so erkennt man nur ein diffuses Weiß.

Damit die innere Struktur von biologischem Gewebe abgebildet werden kann, muss man es zunächst für Laserstrahlen durchsichtig machen. „Die Probe wird zunächst geklärt: Das enthaltene Wasser wird durch eine Flüssigkeit mit anderen optischen Eigenschaften ersetzt, dadurch können die Laserstrahlen tief in die Probe eindringen“, erklärt Saideh Saghafi. Gemeinsam mit ihren Kolleginnen und Kollegen in der Abteilung von Prof. Hans Ulrich Dodt an der TU Wien erzeugt sie so Bilder von bisher noch nie erreichter Qualität, die für die medizinische Forschung wichtige Informationen liefern. Auch für die Untersuchung und 3D Darstellung von menschlichen Tumoren aus der Pathologie ist das neuartige Ultra-Mikroskop bestens geeignet.

Ultradünne Licht-Flächen

Aus einem gewöhnlichen, runden Laserstrahl wird durch optische Tricks zuerst ein elliptischer Strahl, und daraus dann eine dünne Licht-Schicht gemacht. „Nur etwa 1.5 Mikrometer dick ist die Fläche aus Laserlicht, die wir mit unseren Linsen herstellen“, sagt Saghafi. Vom Laserlicht angeregt beginnt eine extrem dünne Schicht der Probe zu fluoreszieren – und dieses Leuchten kann mit einer Kamera aufgenommen werden. Die Grundidee der Ultramikroskopie wird an der TU Wien schon seit Jahren verwendet, doch Saghafis dünne Laser-Schichten haben die Präzision des Mikroskopes nun noch einmal entscheidend verbessert.

Schicht für Schicht durchleuchtet man die Probe mit Laserlicht und nimmt jedes Mal ein Bild auf. Daraus wird am Computer ein vollständiges dreidimensionales Modell der Probe aufgebaut. So entstehen detaillierte Bilder von winzigen Fruchtfliegen und vom komplexen neuronalen Netzwerk in Mäusegehirnen. „Ohne das Durchleuchten der Probe mit der Laser-Fläche müsste man die Probe in dünne Schichten schneiden und dann einzeln mikroskopieren. Dabei könnte man natürlich niemals die Genauigkeit erreichen, die wir mit unserem Ultramikroskop erzielen“, erklärt Saideh Saghafi.
 
Preis für herausragende wissenschaftliche Leistung

Edmund Optics, ein großer Hersteller optischer Elemente, prämierte kürzlich die besten wissenschaftlichen Arbeiten auf dem Gebiet der Optik. Aus etwa 750 Bewerbungen wurden die drei innovativsten und technisch wertvollsten Einreichungen ausgewählt. Unter den prämierten Arbeiten des Jahres 2012 war auch Saideh Saghafi mit ihrer Licht-Flächen-Technologie. Das Preisgeld wird in Form von wertvollen optischen Elementen ausbezahlt, mit dem die Ultramikroskopie an der TU Wien noch weiter verbessert werden soll. (Florian Aigner)

Externer Link: www.tuwien.ac.at

Kalte Nachahmer aus Licht und Atomen

Medienmitteilung der ETH Zürich vom 28.11.2012

Die Eigenschaften von Grundbausteinen der Elektronik lassen sich mit kalten Atomen simulieren, die durch Strukturen aus Laserlicht fliessen. Dies ist das Ergebnis von Arbeiten, in denen Wissenschaftler der ETH Zürich nun begonnen haben, mit einer neuen Generation von Quantenexperimenten das Verhalten von Stromflüssen in einem Regime zu erforschen, über welches Physiker bisher zum Teil kaum Vorhersagen machen können.

Moderne elektronische Komponenten erreichen heute solch kleine Abmessungen, dass Quanteneffekte ins Spiel kommen. Für die weitere Entwicklung und insbesondere Miniaturisierung dieser Bausteine ist es deshalb von immer dringender Bedeutung, Kollektive aus vielen Quantenteilchen – so wie es Elektronen welche sind – zu verstehen. Mit aktuellen theoretischen und rechnerischen Methoden ist es jedoch oft nicht möglich, das Verhalten solcher „Vielteilchensysteme“ vorherzusagen. Alternative Methoden zu finden, ist deshalb der Gegenstand intensiver Forschung. Die Gruppe von Tilman Esslinger vom Institut für Quantenelektronik der ETH Zürich hat nun eine experimentelle Plattform entwickelt, mit welcher der Fluss von Elektronen durch kleinste Kanäle simuliert werden kann. Die Ergebnisse dieser Arbeit sind in zwei Artikeln in den Fachzeitschriften Science und Nature erschienen.

Simulieren statt rechnen

Angesichts der fortschreitenden Miniaturisierung von elektronischen Komponenten wird es zunehmend wichtig, beim Design von neuen Elementen Quanteneffekte mit in Betracht zu ziehen. Dass die Gesetze der Quantenmechanik zusehends bemerkbar werden, eröffnet neue technologische Möglichkeiten, aber auch neue Hindernisse. Der zusätzliche Spielraum bedeutet gleichzeitig, dass es ungleich schwieriger wird, theoretische Vorhersagen über das Verhalten der Elektronen zu machen. Mit jedem zusätzlichen Quantenteilchen verdoppelt sich im Wesentlichen der rechnerische Aufwand. Auch die leistungsstärksten Computer stossen damit bereits bei ein paar Duzend Teilchen an ihre Grenzen.

Eine Alternative zur theoretischen oder rechnerischen Behandlung eines Quanten-Vielteilchen-Problems ist es, ein Quantensystem zu verwenden, über welches man experimentell gute Kontrolle hat, und damit das Quantensystem, an dem man eigentlich interessiert ist, nachzubilden. Dies ist vergleichbar mit frühen astronomischen Instrumenten, die es ermöglicht haben, mit mechanischen Geräten die Positionen von Himmelskörpern vorherzusagen. Quantenmechanische Simulatoren wurden erstmals 1981 vom amerikanischen Physiker Richard Feynman vorgeschlagen. Vor allem in den vergangenen zehn Jahren wurden bedeutende experimentelle Fortschritte erzielt, die es erlauben, einzelne Quantenteilchen zu isolieren, zu manipulieren und zu messen. Damit ist es heute möglich, erste „Quantengeräte“ aufzubauen.

Die eigenartigen Bewegungsmuster von Quantenteilchen

Die Zürcher Forscher verwenden nun kalte Lithiumatome, welche die Rolle der Elektronen übernehmen. Die Atome werden kontrolliert durch Kanäle geschleust, die durch Laserlicht gebildet werden. „Mit unserer Arbeit erweitern wir das Konzept der Quantensimulation in Richtung Transportphänomene“, erklärt Jean-Philippe Brantut, einer der leitenden Mitarbeiter in diesem Projekt. In ihrem Aufbau können die Physiker eine ganze Reihe von Parametern kontrollieren, von der Geometrie der Kanäle bis hin zu den Wechselwirkungen zwischen den Atomen. Zudem ist das System aus Atomen und Licht absolut fehlerfrei und ermöglicht somit einen direkten Vergleich zwischen Experimenten und theoretischen Modellen – dies ist ein entscheidender Vorteil gegenüber einem Aufbau mit Elektronen und Drähten, wo sich Störstellen nie ganz vermeiden lassen.

Aber auch in solch idealen Systemen können die fliessenden Teilchen auf Widerstand stossen. In einer ersten Arbeit, die in der Fachzeitschrift Science erschienen ist, haben Esslinger und sein Team theoretische Vorhersagen bestätigt, dass ein elektrischer Widerstand allein dadurch entstehen kann, dass die Elektronen durch einen dünnen Leiter fliessen. Dies gilt auch, wenn dieser Leiter absolut fehlerfrei ist. Ein bedeutend seltsameres Verhalten kam jedoch zutage, als die Forscher zu tieferen Temperaturen gingen und die Teilchen miteinander wechselwirken liessen – dies publizierten sie in der neusten Ausgabe von Nature. In diesem Fall begannen die Teilchen ohne jeden Widerstand zu fliessen, selbst wenn ihnen Hindernisse im Weg standen. „Es ist, als ob Sie in der Limmat stehen und das Wasser, welches um Sie herum fliesst, in keinster Weise spüren“, sagt Tilman Esslinger. Das Phänomen des absolut widerstandslosen Flusses ist unter dem Namen Suprafluidität bekannt, und es ist von grossem Interesse hinsichtlich Elektronikbausteine der Zukunft. Bis zu einer neuen Generation von elektronischen Geräten ist noch ein weiter Weg, aber Arbeiten wie die der ETH-Forscher leisten wichtige Beiträge zu einem fundamentalen Verständnis der physikalischen Eigenschaften, auf welche diese Grundelemente aufbauen, und ermöglichen, Theorien und neue Ansätze zu testen.

Externer Link: www.ethz.ch

„BibSonomy“ zeigt, wie Datenschutz im Web 2.0 geht

Pressemitteilung der Universität Kassel vom 26.11.2012

Die Plattform BibSonomy ist nicht nur als Verwaltungs-System für Bookmarks und Publikationen ein Erfolg: Wissenschaftler an der Uni Kassel zeigen damit auch: Datenschutz und Web 2.0 sind vereinbar.

Immer stärker werden Gefahren des Mitmach-Internets deutlich. In sozialen Netzwerken geben viele Menschen einem unüberschaubaren Personenkreis persönliche Daten preis, ohne die Folgen zu überblicken. Für das einzigartige Kasseler Publikationssystem BibSonomy haben Forscher nun Regeln zur Datensicherheit und technische Möglichkeiten zu ihrer Umsetzung entwickelt, die eine Blaupause für die Betreiber von sozialen Plattformen bilden können; dem Gesetzgeber liefert das System wichtige Anregungen zur Regulierung des Datenstroms im Netz.

Dass BibSonomy nunmehr eine Vorbildfunktion für Facebook und Co. in Sachen Datenschutz haben könnte, ist Ergebnis des Projekts „Informationelle Selbstbestimmung im Web 2.0“, das von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) mit rund 650.000 Euro gefördert wurde und nun zu Ende gegangen ist. Die Projektgruppe verfassungsverträgliche Technikgestaltung (provet) des Fachgebiets Öffentliches Recht unter Leitung von Prof. Dr. Alexander Roßnagel und das Fachgebiet Wissensvermittlung unter Führung von Prof. Dr. Gerd Stumme arbeiteten dafür eng zusammen. Datenschutzrechtliche Gestaltungsansätze wurden in das bestehende System BibSonomy implementiert, das als soziale Plattform für die Verwaltung von Bookmarks und zur gemeinsamen Nutzung wissenschaftlicher Publikationen 2006 online gegangen ist. Die Plattform ermöglicht Studenten und Forschern den Austausch von Nachweisen, Auszügen und Kommentaren zu wissenschaftlichen Texten und hat inzwischen weit über eine Million registrierte Nutzer weltweit und etwa 190.000 Zugriffe monatlich.

„Viele Leute geben ihre Daten heute in großer Freizügigkeit preis“, sagt der Informatikspezialist Professor Stumme. Für den Betreiber eines sozialen Netzwerks stelle sich die Frage: Wie gehe ich mit Daten um, die ich nicht selbst erstellt habe? Nach den Worten Stummes gehört schon die so genannte IP-Adresse des Nutzers, die dessen Computer identifiziert, zu den sensiblen Informationen. Das DFG-Projekt liefert auf diese Frage Antworten.

„Es gilt der Grundsatz der Datensparsamkeit. Es werden nur so viele Daten wie unbedingt nötig für die Nutzer bereitgestellt. Wenn sie nicht mehr benötigt werden, müssen sie aus dem System gelöscht werden“, erläutert Stumme. Auch für die Forderung von Nutzern nach Korrekturen angeblich sachlich falscher Einträge habe man Regeln entwickelt. Man verlange dann belastbare Nachweise. In strittigen Fällen schlüpfe der Betreiber der Plattform in eine Moderatorenrolle.

Der Aufbau des Publikationsnetzwerks habe auch gelehrt, dass der Betreiber einer Internetplattform die rechtlichen Probleme des Datenschutzes klären sollte, bevor er an deren technische Architektur herangeht. „Man kann schon im Design Rechtsprobleme vermeiden“, empfiehlt der Wissenschaftler. Das helfe, kostspielige Korrekturen und Beschwerden von Benutzern zu vermeiden.

Betreiber von Internetplattformen müssen nicht nur mit Daten umgehen, die die Privatsphäre ihrer Nutzer verletzen können, sondern auch mit Daten, die als so genannter „Spam“ einfach nur unerwünscht sind. Der große Erfolg von BibSonomy habe jede Menge „Trittbrettfahrer“ auf die WebSite gelockt, berichtet Professor Stumme. Diese so genannten Spammer nutzten den hohen Rang, den BibSonomy auf den gängigen Suchmaschinen im Netz einnehme, um mit ihren Angeboten selbst auf einen vorderen Platz auf den Trefferlisten zu gelangen. Die ersten 50.000 Spammer hätten seine Mitarbeiter noch von Hand herausgefiltert. Dann habe man Algorithmen entwickelt, die vornehmlich durch eine Analyse der IP-Adressen der BibSonomy-Nutzer automatisch die Trittbrettfahrer auf der WebSite unterdrücken. Auch dieses Filtersystem könne Vorbild für andere Netzbetreiber sein.

Die Kasseler Forscher betreiben ihre Publikationsplattform auch nach Beendigung des DFG-Projekts weiter. Man wolle andere gern von den Erfahrungen profitieren lassen, sagt Stumme.

Externer Link: www.uni-kassel.de

Mechanismus zur Reparatur von verklumpten Proteinen aufgeklärt

Pressemitteilung der Universität Heidelberg vom 19.11.2012

Heidelberger Wissenschaftler entschlüsseln die Funktion bestimmter molekularer Chaperone

Verklumpte Proteine können mit Hilfe zellulärer Reparatursysteme aufgelöst werden – ein Prozess, der für das Überleben von Zellen gerade unter Stressbedingungen von vitaler Bedeutung ist. Der fundamentale Mechanismus zur Auflösung von Proteinaggregaten, bei dem bestimmte molekulare Chaperone zum Einsatz kommen, ist jetzt von Heidelberger Wissenschaftlern entschlüsselt worden. Beteiligt waren Forscher des Zentrums für Molekulare Biologie der Universität Heidelberg und des Deutschen Krebsforschungszentrums, die mit Experten des Heidelberger Instituts für Theoretische Studien zusammengearbeitet haben. Die Forschungsergebnisse wurden in zwei zeitgleich erscheinenden Arbeiten in der Fachzeitschrift „Nature Structural & Molecular Biology“ veröffentlicht.

Proteine bestehen aus langen Ketten aufeinanderfolgender Aminosäuren und üben lebensnotwendige Funktionen in jeder Zelle aus. Um Funktionalität zu erreichen, muss zunächst jede Aminosäurekette eine bestimmte dreidimensionale Struktur einnehmen – sie muss sich falten. Eine Änderung der Wachstumsbedingungen wie zum Beispiel ein Anstieg der Umgebungstemperatur kann dazu führen, dass Proteine ihre Struktur verlieren und sich entfalten. Dabei besteht die Gefahr, dass entfaltete Proteinketten miteinander verklumpen und Proteinaggregate bilden. „Kommt es zur Bildung solcher Aggregate, hat dies den Funktionsverlust der Proteine zur Folge und kann zum Zelltod führen, wie dies bei neurodegenerativen Erkrankungen, etwa Alzheimer und Parkinson, oder auch bei Alterungsvorgängen der Fall ist“, so Prof. Dr. Bernd Bukau, der Direktor des Zentrums für Molekulare Biologie der Universität Heidelberg (ZMBH) ist und zugleich am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) forscht.

Eine Verklumpung muss jedoch nicht unbedingt den Endpunkt im Lebenszyklus eines Proteins darstellen. „Zellen besitzen Reparatursysteme für beschädigte Proteine, sogenannte molekulare Chaperone, die sogar aggregierte Proteine auflösen und zurückfalten können“, erläutert Privatdozent Dr. Axel Mogk, der ebenfalls dem ZMBH und dem DKFZ angehört. Die „Reparatur“ wird durch ein kooperierendes Team von zwei Chaperonen – der französische Ausdruck für „Anstandsdame“ – mit den Bezeichnungen Hsp70 und Hsp100 bewerkstelligt. Die Heidelberger Wissenschaftler konnten nun zeigen, dass die Aktivität des Hsp100-Chaperons durch einen eingebauten molekularen Schalter reguliert wird.

Dieser Schalter ist zunächst so positioniert, dass er den Energieverbrauch, das heißt die ATP-Hydrolyse, und damit die Aktivität des Hsp100-Chaperons drosselt. Das kooperierende Hsp70-Protein verändert die Stellung des Schalters und aktiviert Hsp100 direkt am Proteinaggregat. In diesem Zustand läuft der „Motor“ des ringförmigen Hsp100-Proteins auf vollen Touren, entwickelt seine komplette Leistungsfähigkeit und kann einzelne Ketten aus dem Aggregat herausziehen. Das herausgelöste, entfaltete Protein hat danach wieder die Chance, die Faltung von vorne zu beginnen. Die Heidelberger Forschungsergebnisse zeigen außerdem, dass die Aktivitätskontrolle von Hsp100 durch den eingebauten Schalter von essentieller Bedeutung für diese komplizierte Proteinmaschine ist, da der Regulationsverlust in hyperaktiven – also permanent aktivierten – Hsp100-Proteinvarianten zum Zelltod führt.

Die Forschungsarbeiten sind Teil der DKFZ-ZMBH-Allianz, der strategischen Zusammenarbeit des Deutschen Krebsforschungszentrums und des Zentrums für Molekulare Biologie der Universität Heidelberg. Am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS) werden neue theoretische Ansätze zur Interpretation der rasch wachsenden Menge experimenteller Daten entwickelt.

Originalveröffentlichungen:

F. Seyffer, E. Kummer, Y. Oguchi, J. Winkler, M. Kumar, R. Zahn, V. Sourjik, B. Bukau & A. Mogk: Hsp70 proteins bind Hsp100 regulatory M domains to activate AAA+ disaggregase at aggregate surfaces, Nature Structural & Molecular Biology, 18 November 2012, doi: 10.1038/nsmb.2442

Y. Oguchi, E. Kummer, F. Seyffer, M. Berynskyy, B. Anstett, R. Zahn, R.C. Wade, A. Mogk & B. Bukau: A tightly regu-lated molecular toggle controls AAA+ disaggregase, Nature Structural & Molecular Biology, 18 November 2012, doi: 10.1038/nsmb.2441

Externer Link: www.uni-heidelberg.de